Venne eretta a partire dal 1532 dal grande architetto Antonio da Sangallo il Giovane, forse con l'ausilio del suo collaboratore Antonio Labacco. Lo stesso Sangallo il Giovane è autore anche delle coeve Rocca Paolina di Perugia e Fortezza da Basso di Firenze. Queste tre fortificazioni furono alla base dell'affermazione della politica di papa Clemente VII nell'Italia centrale. Il papa cercava infatti di reagire al sacco di Roma che aveva indebolito il suo prestigio e il suo potere economico.

 

Le tre fortificazioni citate hanno una notevole importanza nella storia dell'architettura militare, in quanto furono fra i primi esperimenti di fronte bastionato all'italiana, ovvero di mura in grado di resistere alle armi da fuoco; infatti queste opere di Antonio da Sangallo il Giovane servirono da esempio per le fortificazioni in tutta Italia ed Europa. Sangallo progettò anche le nuove mura e il Bastione che porta il suo nome nella vicina Loreto, a protezione della Basilica della Santa Casa.

 

La Cittadella fu dunque costruita a spese dello Stato della Chiesa e fu accettata dal libero comune di Ancona, che sperava, con la sua presenza, di sventare gli attacchi delle navi corsare turche. La nuova fortificazione fu invece una specie di cavallo di Troia, che portò alla fine della Repubblica marinara di Ancona e alla sua caduta nelle mani di Clemente VII.

 

La fortezza ha cinque bastioni chiamati della "Guardia", della "Punta", della "Campana", "Gregoriano" e del "Giardino"; ha il suo punto di massima altezza nella Torraccia, il mastio centrale, e nel suo sottosuolo si dipana una rete di sotterranei.

 

Dal punto di vista militare la Fortezza giocò un ruolo importante nel corso di vari assedi e specialmente durante quello sostenuto nel 1799 dai francesi che occupavano Ancona contro le forze austro-russo-turche, durante quello del 1849, in cui i patrioti risorgimentali difesero la città contro gli austriaci e durante l'assedio del 1860 contro le truppe piemontesi.

 

Dopo il 1860, anno in cui Ancona entra nel Regno d'Italia, alla sommità della Cittadella venne costruita una monumentale armeria per contenere le migliaia di fucili necessari a difendere la città, da poco dichiarata da Vittorio Emanuele II "piazzaforte di prima classe". Ancor oggi le rastrelliere necessarie a sostenere le armi si sono conservate, e la veduta del loro insieme è assai suggestiva.

 

Dopo il terremoto del 1972 la poderosa fortificazione, che era ancora adibita ad usi militari, venne abbandonata; seguirono più di tre decenni di incuria, durante i quali le strutture vennero danneggiate, mentre l'area acquisiva un valore naturalistico particolare, con la nascita spontanea di specie della macchia mediterranea e di capperi sulle antiche mura.

 

Negli anni settanta fu inaugurato il Parco della Cittadella, che occupa l'area del campo trincerato adiacente; una scala di tubi Innocenti venne costruita tra il parco e la Cittadella, rendendola accessibile per la prima volta alla cittadinanza. Dopo alcuni anni la scala venne prima chiusa e poi smontata, lasciando al degrado l'antica fortificazione rinascimentale. Il nome del parco si riferisce al fatto che da esso, con la scala già citata, inizialmente si poteva accedere alla confinante Cittadella, pur non estendendosi al suo interno.

 

Nonostante la rimozione della scala e la chiusura dell'unico ingresso, la Fortezza era comunque esplorata dai ragazzi della città, che l'avevano denominata "casematte", perché esplorandone i sotterranei, vi leggevano le antiche targhe di segnalazione, in molte delle quali ricorre il termine "casamatta".

 

Nel 2003 la Cittadella fu acquistata dalla Regione Marche, che ne è l'attuale proprietaria.

 

Quando finalmente iniziarono i restauri, le istituzioni e i giornali, dimentichi del nome reale del monumento e pensando che il termine "Cittadella" indicasse il parco adiacente, cominciarono ad indicare l'antica fortificazione con il nome di Fortezza Sangallo, scorretto storicamente e mai usato; a volte è stata chiamata rocca della Cittadella, anche se il termine "rocca" è improprio, in quanto si riferisce alle fortificazioni di transizione tra i castelli medievali e le fortezze rinascimentali, mentre la Cittadella di Ancona è pienamente rinascimentale. Addirittura è stata utilizzata anche l'espressione rocca San Gallo (storpiando il nome del progettista), quando invece da secoli, sulle carte e nell'uso popolare, è chiamata semplicemente Cittadella o Fortezza, senza bisogno di altre specificazioni. Questi errori di denominazione sono da attribuire al lungo periodo di abbandono che ha subito il monumento, durato dal 1973 al 2008.

 

La Cittadella non va confusa con l'omonimo Parco della Cittadella, che occupa il limitrofo Campo Trincerato (sempre del Cinquecento) e che deve la sua denominazione al fatto che negli anni settanta del Novecento, come già accennato, il Campo Trincerato e la Cittadella erano stati collegati tramite una scala e li si consideravano perciò entrambi parte del parco appena inaugurato.

 

Il 19 giugno 2008 la Fortezza di Ancona è divenuta sede del Segretariato permanente dell'Iniziativa Adriatico Ionica, emanazione del Ministero degli Esteri e ed ente internazionale che coordina l'azione politica di Italia, Slovenia, Croazia, Montenegro, Albania, Bosnia ed Erzegovina e Grecia. Diventando sede di un tale organismo, per la Cittadella è stato eseguito un restauro importante, che ha interessato parte del bastione della Guardia, compresa la galleria d'ingresso. Non è stato restaurato, però, il pluricentenario argano in legno che serviva per alzare il ponte levatoio.

 

Restaurata solo la metà del Bastione della Guardia, tutto il resto dell'antica fortificazione è in uno stato di degrado avanzato: nel 2018 il sindaco della città ha firmato un'ordinanza con la quale ha dichiarato inagibile tutto il complesso, tranne la piccola parte già restaurata, con la sede del Segretariato.

 

Nel luglio del 2020, il presidente della Regione Marche Luca Ceriscioli ha dichiarato che la regione si farà carico del "recupero e riqualificazione del complesso della Cittadella di Ancona", compreso il "complesso e affascinante reticolo di cunicoli sotterranei", in base a quanto previsto dal Piano Operativo “Cultura Turismo” gestito dal Ministero dei Beni Culturali. Un primo lotto verrà finanziato con tre milioni di euro e comprenderà il restauro del Bastione della Campana, del Bastione Gregoriano, del marciaronda e della Torraccia; le tappe saranno queste: procedure di gara avviate entro il 30 giugno 2021, progettazione entro il 2020 e termine lavori entro il 2023.

 

Di tutto ciò, niente ha avuto seguito e nel 2022 il degrado caratterizza ancora gran parte della fortificazione.